CMH (Cepas de Microorganismos Halófilos)

Grupo/s microbiano/s: Arqueas y bacterias
Nº total de cepas: 7445
Taxones (nº cepas):
-Arqueas halófilas:
Halorubrum
Halogeotricum
Haloferax
Haloarcula
Haloplanus
Halobacterium
Natronomonas
Halovivax
Haloterrigena
Halorientalis
Halococcus
Etc.
-Bacterias:
Salinibacter ruber (~1000)
Salicola
Halovibrio
Rhodovibrio
Pontibacillus
Virgibacillus
Salinicoccus
Marinococcus
Chromohalobacter
Nesterenkonia
Etc.
Fuente de aislamiento/Origen:
Salinas de la Trinitat (Delta del Ebro):
-Salmueras: 257 cepas
-Sedimentos: 461 cepas
Salinas de Santa Pola (Alicante):
-Salmueras: 374 cepas
-Sedimentos: 280 cepas
Salinas de S’Avall (Mallorca, Baleares):
-Salmueras: 378 cepas
-Sedimentos: 353 cepas
Salinas de Campos (Mallorca, Baleares):
-Salmueras: 369 cepas
-Sedimentos: 426 cepas
Salinas de Ibiza (Ibiza, Baleares):
-Salmueras: 116 cepas
-Sedimentos: 185 cepas
Salinas de Formentera (Formentera, Baleares):
-Salmueras: 183 cepas
-Sedimentos: 345 cepas
Salinas de Fuerteventura (Fuerteventura, Canarias)
-Salmueras: 195 cepas
-Sedimentos: 93 cepas
Salinas de Janubio (Lanzarote, Canarias)
-Salmueras: 335 cepas
-Sedimentos: 389 cepas
Salinas de Lo Valdivia (Chile):
-Salmueras: 293 cepas
-Sedimentos: 439 cepas
Salinas Ojo Seco, Salar de Llullaillaco, Socompa (Altiplano Argentino)
-Salmueras: 419 cepas
-Sedimentos: 488 cepas
Pardelas (Gran Canaria, Canarias)
-Pollos: 370 cepas
-Adultas: 697 cepas
Método de conservación: Placas de 96 pocillos por procedencia, por medio de cultivo y gliceroladas en medio salino a -80ºC. Los medios de cultivo utilizados están basados en el medio Salt Water (Rodriguez-Valera et al., 1985) a concentraciones de sal que varían entre el 20 y el 30%.
Gestión de la información: La informatización del cepario se ha realizado con el programa File Maker. Cada placa de 96 lleva asociada información sobre procedencia, fecha, medio de cultivo, localización y modo de congelación.
En la base de datos disponible, sólo aparecen aquellas cepas cuyo gen ribosómico 16S ha sido secuenciado.
Nivel de caracterización:
-Microorganismos agrupados en base a su perfil proteico (en su mayoría proteínas ribosomales) representados en un dendrograma generado por MALDI-TOF.
-Secuenciación del 16S rRNA de las cepas que caracterizan cada grupo llegando a la identificación de género y especie en la mayoría de los casos.

El laboratorio de Microbiología Marina del IMEDEA ha utilizado las cepas como material de base para el desarrollo de numerosos estudios.

Palabras clave:
ambientes hipersalinos, microorganismos halófilos, MALDI-TOF, salmueras, sedimentos salinos, narinas de pardela
Resumen:
Descripción de ecosistemas microbianos en ambientes hipersalinos:
-Uso de técnicas pioneras para el estudio de la diversidad de microorganismos cultivables mediante la espectrometría de masas MALDI-TOF y análisis genómico comparativo de cepas no descritas anteriormente (Ej. nuevas cepas del género Salinibacter).
-Uso de las técnicas más modernas de ecología molecular para llevar a cabo la descripción en profundidad de la diversidad y dinámica de poblaciones microbianas no cultivables en ambientes hipersalinos mediante una a aproximación metagenómica y el uso de técnicas como la pirosecuenciación.

La colección no se ha sometido a un sistema de calidad.

Las muestras se recogieron por el personal del grupo de Microbiología Marina excepto las de pardelas que fueron enviadas desde un centro de recuperación de aves de Gran Canaria. Su aislamiento y criopreservación se ha efectuado en el laboratorio de Microbiología Marina del IMEDEA en Esporles.