Colección de levaduras generada en gran parte en el extinto Instituto de Fermentaciones Industriales (IFI) reestructurado en el actual Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación, CIAL-CSIC. Esta colección se ha ampliado en aislados, identificación y caracterización en el CIAL. Actualmente, parte de la colección forma parte de los depósitos públicos de la CECT.
Colección de bacterias y levaduras generada de muestras recibidas en el laboratorio oficial y de prospecciones en lagares de Asturias.
Colección de levaduras aisladas de ambiente enológico. También de otras industrias alimentarias, flores, animales, aguas… de la región de Castilla-La Mancha.
Colección de levaduras aisladas de ambientes fermentativos y ambientes naturales del grupo de investigación Biología de sistemas en levaduras de interés biotecnológico del Instituto de Agroquímica y Tecnología de los Alimentos (CSIC).
Colección de hongos fitopatógenos aislados de material vegetal.
Colección de bacterias aisladas de leche de distintas especies animales y quesos, y de heces de lactante.
Colección de microalgas aisladas de ecosistemas marinos, estuarino y de agua dulce.
La colección MAESE (Microalgas Edáficas del Sureste de España) contiene linajes aislados fundamentalmente del sureste de la península ibérica, de ambientes edáficos, subaéreos y acuáticos.
Colección de microalgas nocivas marinas aisladas de aguas españolas y resto de océanos, tanto aguas templadas como tropicales.
Colección formada por bacteriófagos,aislados de muestras ambientales, que infectan a cepas de Staphylococcus.